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[定期更新] Omicron:毒王族谱(2022年10月16日第一次更新)

拍老师 拍帮主 2023-10-24

 前言

各位早上好中午好下午好晚上好~话说这几天Cornelius小哥一直在拼尽全力处理Pango委员会堆积如山的命名申请,连雷打不动的瑞士内参《巴塞尔报告》都给鸽了……(延迟几天而已,这波忙完了会更的
Cornelius小哥的辛勤劳动成果,就是上图所示的那一大波刚刚得到命名的Omicron家族最新徒子徒孙。具体而言,咱们在第一期里《Omicron:毒王族谱》里提到:截止2022年9月22日,Omicron大家族(除了BA.1之外)总共298个子分支,现在(截止2022年10月15日),这个数字已经飙升到了464个……其中不乏阴间程度比较高的下一任毒王潜力股,所以咯,差不多是时候更新一下这个毒王族谱了~
话说,这个系列读起来比较枯燥,写起来也特别费时费力,可是时不时就有老铁在后台点播,且干货含量也挺高~所以之后应该不会常写,但也不能不写,暂定每个月更新一次吧。


——请首先品鉴:↑ 照惯例,走个全局一览,解读一嘴:
  • 以上每一个小圆点代表Omicron家族的一个子分支(sublineage);
  • 由于BA.1已经彻底过气了,所以这棵树是从BA.2开始构建的,没有BA.1的位置;
  • 由于现如今子分支太多,所以换成了radial diagram视角,不然用常规视角真放不下……总之,元祖版BA.2位于圆的中心,其他各个子分支离圆心越远,则突变数量越多;
  • 不同颜色的小圆点分别属于各个不同的Omicron亚谱系;
  • 红色的那些小圆点全部是跟Omicron相关的重组株(严格来说重组株并不应该出现在这棵演化树上,Cornelius小哥强行移花接木过来,主要是为了方便示意)
  • 总之,上图距离元祖版BA.2演化距离最远的,是发生了德奥合并的XAW、XAY、XBA和XBC四款重组株,然后则是XBB子分支、BA.2.3.20子分支和BS子分支。



下面挨个品鉴一些值得关注的子毒株。——首先是重组株系列,请品鉴:
解说解说:
  • 上面一共有51种重组株,占了Pango体系下所有重组株的大部分;
  • 其他没上榜重组株包括XA、XB和XC三种Omicron时代以前的重组株、XD这种只涉及BA.1的重组株,以及XE这种相对于元祖版BA.2没有氨基酸变异的重组株;
  • 上图所有重组株当中,XAY、XBB、XBC三种的增速最猛,以至于已经分化出各自的子毒株,即:XBB.1、XBB.2、XBB.3、XBB.1.1、XAY.1、XAY.2、XBC.1、XBC.2等;
  • 抗原距离最远的,则是德奥合并产物XAW,并且XAW现在仍在保持蔓延——由于XAW重灾区俄罗斯测序能力严重拉胯,所以暂时还没法评估XAW的威胁度;
  • 还有一款正在迅速蔓延的重组株,由于太新,所以暂时没入选,也就是之前抢跑过的香港首发的XBD。

其中:(是的咱这边儿就是这么牛鼻,各款阴间变异株刚刚冒头就已经品鉴过了)


——BA.2亚谱系下的新增成员们:
——镜头拉近:解释解释:


——BA.2.75亚谱系下的新增成员们:BA.2.75大家族继续急速扩张,在已经有63号徒子徒孙……上边儿红框框出来的全是上期《毒王族谱》发出来之后新增的子毒株~其中值得关注的包括:CH.1.1、CJ.1、BM.1.1.2、CA.4,以及BN.1.1.2。
尤其是CH.1.1,免疫逃逸可能已经超过当前毒王XBB……关于这部分,之前在知识星球那边已经抢过跑了。

——请品鉴:


——BA.4亚谱系下的新增成员们:BA.4大家族新增两员得力干将,其中BA.4.6.3按照大趋同时代天梯榜的算法的话,大致应该算是第六阶Plus级别的战力(BA.4三阶起步,再额外获得了R346T、K444N和N460K三个趋同热点突变,外加Y144-也是强力增益突变,算是个Plus)。


最夸张的可能还是BQ.1系列,现如今已正式升级为独立的亚谱系(Nextstrain编号22E)。
——请品鉴:解释一嘴:
  • 以上所有黄色小圆点都属于BQ.1亚谱系,整整24个子毒株……其中增速最猛的,仍然是BQ.1.1,几乎属于第六阶的天花板。
  • 此外,BA.5.3亚谱系下还有其他一些新丁,比如CC.1、CQ.1等。



最后是BA.5亚谱系下面其他值得关注的新战力……
——首先是BF(BA.5.2.1)子分支:关注重点:前段时间被咱指认为“普信变异株”的BF.7,多出了俩子毒株……
——前情提要:结果咱又一次乌鸦嘴了~BF.7的两枚子毒株之一,BF.7.2,已抽中一次大奖,喜提刺突蛋白F486P突变,
只需再抽中一次,就有可能逆天改命!
燃不燃!卷不卷!刺不刺激!

——然后是BF之外的其他BA.5.2子分支:关注重点:CT.1。


以上,基本把这段时间新增子毒株里面阴间程度比较高的给过了一遍。总结总结,值得关注的包括:
  • 重组株里面的XBB.1、XBB.1.1、XAW、XAY.1、XBD;
  • BA.2亚谱系里面的CM.3和BS.1.1;
  • BA.2.75亚谱系里面的CH.1.1、CJ.1、BM.1.1.2、CA.4,以及BN.1.1.2;
  • BQ.1亚谱系里面的BQ.1.1;
  • BA.4亚谱系里面的BA.4.6.3;
  • BA.5亚谱系里面的BF.7.2和CT.1。

以上就是截止2022年10月16日,Omicron大家族(除了BA.1之外的)总共464个子分支的全家福。
Cornelius小哥这棵树的传送门:https://nextstrain.org/staging/nextclade/sars-cov-2/21L
各位看图看不清楚的话,也可以自行前往nextstrain撸树。


顺便走一个最新更新的大趋同时代天梯榜呗。老规矩,由Cov-spectrum出品,比GISAID延迟三天左右~
——请品鉴:
哦对了,各位不用费心费力在表里面找BF.7了~
咱直接顺手把BF.7设置成了基线……所以你们当然找不到了所以上表所有的子毒株(除了吊车尾的BF.7.‍1),都比BF.7增长得更快。‍‍‍‍‍惊不惊喜意不意外?
最后,继续感谢广大宿主的肉身供奉,让咱们些搞变异株追踪的混子,最近不得不频繁996甚至007吧。
以上,各位再会啦~




本人知识星球暂时下线~
预计9月24日恢复。
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